Masar
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Bac Tunisie
Entraîner la reconnaissance
EV-AÉvolution biologique

Parenté et arbre phylogénétique à partir de séquences peptidiques

Idée directrice

Comparer des séquences d’acides aminés homologues pour établir des degrés de parenté et dresser un arbre phylogénétique. Les squelettes du membre antérieur (planche d’origine) sont remplacés par un tableau de séquences chiffrables. Source : devoir de contrôle n°2 SVT Sc.exp (Harbawi, 2016-2017) — thème évolution biologique.

Signature de reconnaissance — l'énoncé se trahit ainsi

« Comparer les séquences » ; « Dresser l’arbre phylogénétique » ; « Déduire l’ancêtre commun »

Sujet principal

Exercice — dans l'esprit des devoirs de contrôle

10 questionsCorrigé masqué

On se propose d’étudier quelques aspects de l’évolution biologique. Le document 1 donne la séquence d’une portion de myoglobine (10 acides aminés) chez trois espèces de vertébrés :

  • Cheval : Gly – Leu – Ser – Asp – Gly – Glu – Trp – Gln – Leu – Ser ;
  • Chien : Gly – Leu – Ser – Asp – Gly – Glu – Trp – Gln – Leu – Val ;
  • Poule : Gly – Leu – Ser – Asp – Gln – Glu – Trp – Gln – Gln – Val.

Document 2 — nombre de positions identiques (sur 10) entre espèces prises deux à deux :

  • cheval / chien : 9 identités (1 différence) ;
  • cheval / poule : 7 identités (3 différences) ;
  • chien / poule : 8 identités (2 différences).
  1. Comparer les séquences du document 1. Que peut-on déduire quant à la variabilité de cette protéine entre espèces ?
  2. À partir du document 2, classer les degrés de parenté entre les trois espèces.
  3. Dresser l’arbre phylogénétique correspondant et justifier la position de chaque nœud (ancêtre commun).
  4. Déduire que ces trois vertébrés partagent un ancêtre commun et préciser le couple d’espèces les plus étroitement apparentées.
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1. Les trois séquences partagent une trame commune (plusieurs acides aminés identiques aux mêmes positions) mais diffèrent en un petit nombre de positions. Déduction : la protéine présente une variabilité limitée entre espèces ; ces différences s’interprètent dans le cadre de l’évolution biologique à partir d’une molécule héritée d’un ancêtre commun (homologie moléculaire).

2. Degré de parenté d’autant plus fort que le nombre d’identités est élevé : cheval–chien (9) > chien–poule (8) > cheval–poule (7). Les mammifères (cheval, chien) sont plus proches entre eux que chacun ne l’est de la poule.

3. Arbre phylogénétique (lecture des distances) : une racine représente l’ancêtre commun aux trois espèces ; un premier nœud sépare la lignée menant à la poule de la lignée des mammifères ; un second nœud (plus récent) est l’ancêtre commun du cheval et du chien, qui divergent ensuite. Justification : le couple cheval–chien a le moins de différences, donc le plus récent ancêtre commun.

4. Les similitudes de séquence (et la structure comparable du membre antérieur chez les vertébrés, non reproduite ici) indiquent un ancêtre commun. Parenté la plus étroite : cheval et chien. L’arbre phylogénétique résume ces relations de parenté.

Exercices d'entraînement — une nuance à la fois

Entraînement 01 / 02

Drill EV-A.1 — degrés de parenté

1 questionCorrigé masqué

Pour une même protéine, on a : A–B = 17 % d’acides aminés communs ; A–C = 72 % ; B–C = 59 %. Ordonner les degrés de parenté et indiquer quelle paire d’espèces partage l’ancêtre commun le plus récent.

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Le degré de parenté se lit sur le pourcentage d’acides aminés communs : A–C (72 %) > B–C (59 %) > A–B (17 %). L’ancêtre commun le plus récent est donc celui de la paire A et C. Sur l’arbre phylogénétique, A et C forment un groupe frère, tandis que B se raccorde plus bas, plus près de la racine. Cette lecture est un outil standard de l’évolution biologique. A–C plus proches\boxed{\text{A–C plus proches}}.

Entraînement 02 / 02

Drill EV-A.2 — lire un arbre

1 questionCorrigé masqué

Sur un arbre phylogénétique, trois espèces X, Y, Z partagent un ancêtre commun A0 ; Y et Z partagent en plus un ancêtre commun plus récent A1. Quelle paire est la plus apparentée ? Que signifie A0 pour l’évolution biologique ?

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Y et Z sont les plus apparentées car elles partagent le nœud A1, plus récent que A0. A0 est l’ancêtre commun des trois espèces X, Y et Z : point de divergence dans l’évolution biologique. L’arbre phylogénétique résume ainsi les relations de parenté sans indiquer qu’un nœud est une espèce encore vivante. Y–Z proches ; A0 = anceˆtre des trois\boxed{\text{Y–Z proches ; A0 = ancêtre des trois}}.

Méthode / Automatismes
  • Plus le nombre de différences est faible, plus l’ancêtre commun est récent.
  • Construire l’arbre phylogénétique en regroupant d’abord les deux espèces les plus proches.
Pièges classiques
  • Inverser proximité et nombre de différences.
  • Placer un ancêtre commun « contemporain » d’une espèce actuelle (les nœuds sont hypothétiques / passés).